印染废水色度高，化学需氧量浓度高，含盐量高，可生化性差。芬顿试剂具有很高的氧化性能，可以将一些难以生物降解的有机物转化为良好的生物降解物质，破坏染料中的生色团，。降低色度，因此被广泛应用于印染废水处理。芬顿反应器，如微电解氧化法，用于处理难降解蒽醌染整废水。
芬顿反应器工艺既可以用于高浓度废水生化前的预处理工艺段，也可以用于生化后的深度处理工艺段，来提高出水水质。芬顿反应器工艺是强氧化工艺的一种，氧化能力强，氧化电位高，OH具有极强的氧化能力、具有很高的电极电位，高达2.8EV；具有很强的加成反应特性，能有效地将有毒有害有机物、难降解的苯环、杂环、长链的有机物，氧化降解为小分子，或容易生物降解的有机物；若废水在芬顿反应器反应器内被氧化强度足够强、反应时间足够长的情况下，有机物可以彻底被氧化成二氧化碳、水。因此，持久性难降解有机物，特别是通常的氧化方式难以氧化的芳香类化合物及杂环类化合物，在芬顿反应器试剂面前几乎都可以被无选择氧化降解。
芬顿反应器工艺主要适用于
①含难降解有机物废水的处理，如造纸工业废水、染整工业废水、煤化工废水、石油化工废水、精细化工废水、发酵工业废水、垃圾渗滤液等废水及工业园区集中废水处理厂废水等的处理，提高废水可生化性、降解生物毒性、降低COD等等。
②生化后的深度处理中，提高出水的水质。芬顿反应器工艺对污染物的去除率应通过试验或参考同行业类似案例确定，不同的水芬顿反应器的效果也不一样。
